13й порт

Стандартный загрузчик (bootloader) специально "моргает" 1 раз светодиодом на плате (он как раз на 13м выводе) - это сделано в отладочных целях.
Если такое поведение мешает внешнему устройству, подключенному к 13 выводу, и переключить его на другой вывод невозможно, то есть вариант изменить исходные тексты загрузчика, перекомпилировать и прошить новый загрузчик.
Исходные тексты загрузчиков идут в комплекте с ПО Arduino в папке hardware\bootloaders.

Конечно, если мы как-то неправильно изменим загрузчик, допустим ошибки и т.д., а потом зашьем этот неправильный загрузчик, то работать он не будет. Это однако не помешает нам затем зашить правильный загрузчик, и вернуть все в исходное состояние.
Сложность заключается в том, что без дополнительных средств прошивка загрузчика невозможна. Варианты такие:
1. Использовать специализированный программатор вроде такого
2. Сделать программатор на LPT порт: ссылка 1, ссылка 2
3. Т.к. на USB вариантах Freeduino и Arduino есть чип FT232, то можно сделать BitBang программатор
4. Есть еще 2 проекта по созданию программатора из Arduino (не BitBang): ссылка 1, ссылка 2

Варианты 2 и 3 достаточно хорошо документированы, и мне тут добавить нечего. Попробую на днях оба варианта из 4-го пункта, и сообщу что получилось. Заодно выложу загрузчик, который не дергает 13-м выводом при старте.
...у Вас какой вариант Freeduino? (2009, Through-Hole и т.д.)

Согласно документации Atmel - 10 тысяч циклов перезаписи